L’action prend place dans la ville fictive de Tokirohama, un mélange de cultures européennes et asiatiques , dans laquelle s’inscrit une école de ninjas nommée Shuriken School, rivale d’une autre école de ninjas baptisée Katana. La série raconte les aventures d’Eizan, 10 ans, enfant ambitieux, rempli d’espoir et de rêves, accompagné de ses deux amis Okuni et Jimmy. Les trois protagonistes défendent leur école face aux différents problèmes que celle-ci rencontre. Pour se faire, ils apprennent diverses techniques et tactiques, et mettent au point de nouvelles armes avec les moyens du bord pour, par exemple, se fondre dans les murs, disparaître dans un nuage de fumée et voler par-dessus les toits. Au fil des épisodes, des camarades de leur école accompagnent les protagonistes dans leur apprentissage, du sumo au plongeur en passant par le moine à la crête iroquoise.